El cuerpo bajo de la torre lo ocupa la Capilla de San Sebastián, llamada hoy también Capilla de la Sagrada Familia o del Santo Cristo de la Paciencia. Esta capilla se cubre con una preciosa bóveda estrellada gótica en cuya clave central se encuentra una bella imagen de San Andrés apóstol que porta en sus manos la cruz de aspa. La capilla de San Sebastián debió servir en su origen como espacio de tránsito a la sacristía, como nos lo muestra el arco gótico que daba acceso a la misma y que fue tapado cuando se colocó el actual retablo. Este arco apareció durante unas obras realizadas en la Parroquia y sirvió como fondo ambiental al grupo de la Sagrada Familia.
 

El retablo de la Capilla de San Sebastián es obra de Nazario de la Vega, quien, como se ha visto, colaboró también en la realización del retablo mayor del templo. Es un retablo de corte clasicista, en cuyo ático se encuentra un elegante relieve de la Anunciación coronado por un frontón triangular. La hornacina principal estuvo en origen presidida por una imagen de San Sebastián de gran tamaño que se ha querido identificar dentro la escuela de Gregorio Fernández. Seguidamente, en el retablo se veneró, hasta el 2024, un moderno grupo que representa a la Sagrada Familia, enmarcado como se ha visto, en el antiguo arco de entrada a la sacristía que sirvió como ambientación de la casa de Nazaret.

Actualmente el retablo de la capilla lo ocupa la Imagen del Santo Cristo de la Paciencia debido a la devoción que le profesan los feligreses de la parroquia. Se trata de una talla del siglo XVI que en origen se encontraba en el muro lateral de la capilla de San Gregorio pero fue trasladada a la de San Sebastián en el año 1987. Es una imagen protorrenacentista, con influencias del estilo de Berruguete que se encuentra vaciada en su parte posterior, lo que hace pensar que desde sus orígenes tuviera un uso procesional. El Cristo de la Paciencia goza de una gran devoción y popularidad en la parroquia y en la ciudad, puesto que es sacado en procesión por la Feligresía de San Andrés en la noche del Miércoles Santo. La Feligresía de la Parroquia de San Andrés tiene además el honor de acompañar procesionalmente a la imagen del Santo Cristo Yacente de la Catedral (magnífica obra de Gregorio Fernández), en la Procesión de los Pasos durante la noche del Viernes Santo segoviano. La Feligresía se encuentra en este año 2024 recaudando fondos para la renovación de los pasos procesionales, fuertemente deteriorados, y para terminar de mejorar la capilla saneando las humedades y reponiendo el solado.