El atrio del lado Norte, desde el siglo xv, fue utilizado para las dos capillas existentes, fundadas por Casas nobiliarias. Para su construcción fue preciso rebajar el terreno, a fin de ponerlo al nivel del recinto interior, y abrir también los arcos de las respectivas Capillas en los muros del primitivo recinto mozárabe.

- CAPILLA NÚMERO UNO.

Está adosada al brazo izquierdo del crucero y primitivamente fue sacristía. Al derribarse la que se hizo en el siglo XVIII, ha vuelto a su primitivo cometido. Sobre su sencilla entrada de piedra se ve el escudo de los fundadores. Es de forma rectangular, se cubre de bóveda de medio cañón y debajo tiene cripta sepulcral, en la que se siguen realizando enterramientos. Bajo la bóveda hay un rótulo que dice: "Esta capilla y panteón de los Excmos. Sres. Marqueses de Miranda de Ebro, compró para sí y los sucesores en su mayorazgo el Licenciado Antonio de Junguita y su mujer doña Ginés Gimilio Vera. Año de N. Sr. Jesucristo de 1668. Parte de esta inscripción ha sido rehecha recientemente.
En el frontis de la capilla hay un retablo del siglo xvII, de estilo muy similar al mayor del templo. Tiene dos cuerpos y es dorado y policromado. El primer cuerpo tiene dos columnas salomónicas y, en el centro, un lienzo del siglo xvII de la Inmaculada sobre ánge. les, de buena ejecución, y restaurado en el siglo xix por el pintor segoviano Mariano Quintanilla. A los lados hay dos escudos ricamente policromados con las Armas de los Junguito, Astara, Guevara y Falconi.
El segundo cuerpo del retablo es de forma semicircular, para adaptarse a la bóveda, y enmarca el óculo que da luz al recinto; tiene dos columnas con sus capiteles seudocompuestos y grutescos ricamente tallados y policromados.
El banco del retablo es jaspeado y lo mismo era la mesa de al-tar, que se retiró para colocar las cajonerías de ornamentos.
En la sacristía son de notar los siguientes objetos artísticos:
Lienzo del siglo xvI, marco negro, representando a Jesucristo con la bola del mundo e inscripción "Salvator Mundi"
Otro lienzo de las mismas características y época que el ante-rior, representando a la Virgen, con libro, e inscripción "Sancta
María mater Dei"Crucifijo de talla de buena ejecución, madera, siglo XVIII, con peana y calaveras y huesos.
Bargueño castellano del siglo XVIII. Tres grandes cajoneras de ornamentos, con herrajes de bronce. En 1687, a fin de juntar fondos para ayuda de la obra de la capilla mayor del templo, se concedió el patronato de esta capilla a la Familia de los Junguito. Los "Ceballos Escalera" continúan el Patronato de esta Fundación. El 9 de julio de 1827 recibió en la capilla sepultura don Cayetano Peñalosa, Brigadier del Ejército, y en 1905 doña Julia Meléndez, Marquesa de Miranda...

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- CAPILLA NÚMERO DOS.

En ella hay una estancia donde se sitúan la calefacción y otros servicios. En uno de sus ángulos tiene una ménsula de arranque de bóveda gótica con las letras JHS. ¿Quedó solo comenzada esta capilla? ¿Desapareció?..

- CAPILLA NÚMERO TRES. 

Es la célebre capilla de los Marqueses de Herrera. Tiene una portada de estilo gótico florido, que pudiera atribuirse a los "GUAS», de gran semejanza con otras del Monasterio de El Parral.
Es de piedra caliza blanca y le faltan las dos estatuitas que pudo haber tenido en los doseletes. En lo alto lleva los escudos de la familia fundadora.
El arco aparece enmarcado por dos grecas: La exterior representa la vida del mundo, con hojas de roble, y entre ellas están las artes humanas, con un hombre trabajando con el martillo, otro cazando, etc.
La greca interior representa la vida espiritual, y tiene las típicas hojas de cardo, que representan el sacrificio de vivir la ley de Dios.
Tiene palomas picando en racimos de uvas, el ciervo y varios pelícanos alimentando sus crías. Todos ellos son símbolos eucarísticos.
La reia de madera, recientemente restaurada, semeja también mucho a otras de El Parral. La bóveda, es de nerviatura gótica, con cinco claves y pinjantes dorados postizos, algunos de ellos con los escudos de la familia fundadora. Bajo la bóveda hay una inscripción en letras góticas con tonalidades azules y doradas, que dice:
"Esta capilla mandó facer el honrado fijo Gonzalo de Herrera, e criado del muy alto e muy poderoso príncipe el rey D. Fernando nuestro señor, el cual le llamó cavallero de espuelas doradas en combate de la ciudad de Ronda; e dio para la fábrica mil maravedies de peso e dos gallinas: e dexó dos Misas cada semana"En el pavimento hay una lápida que dice: "Aquí yace D. Antonio de Herrera y Doña María de Cuéllar
Bonifaz, su muger. Falleció el 17 de agosto de 1671. Dotaron una capellanía en esta capilla de seis misas cada semana y el susodicho falleció el 3 de septiembre de 1673.

CAPILLA NÚMERO CUATRO. 

Es la capilla de San Ildefonso, y tiene a la entrada un arco con dos semipilastras dóricas y cornisamiento, frontón partido, y en el centro del mismo el escudo ovalado de los fundadores, con sus dragantes. La verja de la entrada es sencilla, de madera, y la bóveda tiene lunetos, y en la cornisita hay una cartela que dice:
"Esta capilla fundó Alonso Moreno, Tesorero que fue Del Real ingenio de la Casa Baxa de la Moneda de esta ciudad" Costó en su sitio 180.000 Mrvds. Falleció a uno de agosto del año 1569"

Esta capilla está comunicada hoy con la anterior por un arco de medio punto que antes estaba cegado. Actualmente en esas capillas existe un Museo parroquial, inaugurado el año 1985.