La iglesia de San Andrés es un templo románico con tres naves y dos ábsides. El primero corresponde a la nave central, mientras que el segundo es un añadido posterior en el que se ubica la sacristía. Las naves laterales son los antiguos atrios porticados que fueron insertados en el templo durante el barroco. La nave del evangelio alberga la capilla de la San Gregorio. La nave de la epístola tiene a sus pies el baptisterio y a la cabeza la capilla de San Sebastián (hoy llamada de la Sagrada Familia). Ésta, es el cuerpo bajo de la airosa torre románica realizada por alarifes mudéjares. Dicha torre y los ábsides son los que dan el aspecto característico e identificativo a la iglesia, tanto en su plaza aledaña como en el perfil de la ciudad.

La construcción de la Parroquia debió iniciarse con anterioridad al año 1120. Este dato deriva del hecho de que en esta fecha aparece la primera alusión indirecta al templo, al hablarse de una puerta de la muralla llamada de San Andrés. Del primitivo templo del siglo XII solamente queda el ábside principal, realizado en piedra. El actual cuerpo de las naves, así como la torre corresponden a una intervención posterior llevada a cabo durante el siglo XIII por alarifes mudéjares que ampliaron la iglesia utilizando el ladrillo.
 

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Finalmente, en el año 1604 comenzó la última intervención notable de la estructura del edificio, llevada a cabo por Sebastián González, Juan Setién, Martín de Mendizábal y Andrés Rodríguez. Ésta consistió en el cierre de los atrios porticados para la ampliación del templo (que corresponden a las actuales naves laterales), así como la restauración barroca de todo su espacio interno. El conjunto de toda esta actuación fue largo e intermitente, y culminó con la celebración de la fiesta de la Catorcena del año 1664.